表現できる色の数の差が原因です。 表示色が3DSの仕様では1677万色なんですが,プチコン3号では 32768色なんです。 透明/不透明の1ビットとRGB各色5ビットで16ビットと扱いやすい データ長になる事とゲームでは充分と判断されたためだと思われます。 1677万色となるとRGB8ビットで24ビットとなるためグラフィック描画に 関わる全て（グラフィック、スプライト、BG、コンソール）に負荷が増えるため 全体的なパフォーマンスが今より低下すると思いますよ。