MAINCNTの時間間隔は、時計やMML、MICの時間より微妙に短いようです。MAINCNTの時間は、3DSのLEDディスプレイの都合で決められる値なので違いがあると思われます。 通常は気にしなくて良いと思いますが、音ゲーやストップウオッチのように時間制限が厳しい場合は、問題になると思います。