あねさんがNYで開発した「MMLのことはMMLに聞け」方式は、どうでしょうか？ MML変数「$x=xxx」の代入とBGMVAR関数を使って、現在演奏中の音符が何かを知る方法です。 なお、すでにフレーム数の計算が済んでいるのでしたら、 10000/9972で補正すれば、それなりの精度が出せます。 ただし、3DS/New3DS限定仕様になるかもしれません。ディスプレイ仕様変更があると、保守が必要になります。