２種類のセーブを行う理由ですが「マップデータ」はこのマップエディターでもう一度読み込むために必要なデータで、「BGSCREENデータ」はプログラムで画面に表示するために必要なデータです。 とりあえず2種類で保存しておかないとマップデータの修正をする事ができなくなるのでやっておいた方がいいです。