とは言え、VSYNCのあとに消してるから問題無さそうな気もします。多分、1フレーム前に描いたものをリセットさせる意図ですよね？ CLS命令に、描画との同期に関するバグがあるらしいのでそれかも。 CLS命令の直前に「GCLS」という命令を追加したら直ったりしませんか？