MAINCNTというシステム変数があります。
これはプチコンが起動してから1/60秒ごとに数字が増えていく変数です。
ゲームを開始した時にこの数字を別の変数に保存しておき、ゲームを遊んでいる最中もMAINCNTを取得してその差分を見れば経過時間が取得できます。
CLS
STARTCNT = MAINCNT
@LOOP
A =MAINCNT-STARTCNT
MS =((A*100) DIV 60) MOD 100
S =(A DIV 60) MOD 60
M =(A DIV (60*60)) MOD 60
T =A DIV (60*60*60)
T$=FORMAT$("%02D:%02D:%02D.%02D",T,M,S,MS)
LOCATE 1,10:? T$
VSYNC
GOTO @LOOP