GLOADのパレットと色変換フラグ形式はどうやって変換するのだろうか。 普通に置き換え？既にこのパレットの中身は16bitカラーなのかな。

ぽいね。petitcom.netを見る限りでは置き換えでおk。 bit数は16と32どちらでもあるらしいけど、統一されているなら、多少の圧縮もしてくれるGPKなら16bit一択ですな。

パレット配列指定時の、画像配列の説明が間違っているのでわかりにくいのだと思います。画像配列は「パレット配列の要素番号（インデックスカラー）」とでも書いてあれば少しは分かりやすくなると思います。