クラス全員(40人)分の身長を保持するのだったら、
var shinchou[40]
として、shinchou[i] が出席番号 i 番の人の身長を表すことにすればいいですよね。
一学年 3 クラスあってそれぞれ 40 人以内としたら、全員の身長を
var shinchou[3, 40]
とします。
この場合 shinchou[c, n] がクラス c の出席番号 n の人の身長を表すことになります。
注意: 実際は c や n は 0 開始なので 1 組だったら c = 0, 出席番号 1 だった i = 0 とします。