他の人も書いてますがSPANIMでアニメーション（"I"）を使っていますか？　それによっても異なります。 I（定義番号）のアニメーションなど、スプライトを定義番号で切り替えた場合、定義には原点座標の情報も含まれるので、切り替えた時点で原点座標が変化します。なのでSPHOMEで原点座標を変更していても、その後定義番号を変更（SPANIMやSPCHR等で）したら原点座標は定義で設定されている値に戻ってしまいます。 これを回避するには定義の方の原点を変更しておく、ということになるのでSPDEFの時にきちんと原点を設定（変更）しておく、ということになる感じです。 SPSETやSPCHR後にキャラクタを変更しないのであれば、その後にSPHOMEして原点を変更すればそれは継続するので問題ないですが、アニメーションとかしている場合は注意です。