FPSを計測にするには様々な方法があります。 プチコン3号だとメインルーチン1回あたりの実行時間をMILLISECを使って計測してそれを1秒当たりの実行回数を計算するという方法もありますが、mkIIと同様に1秒当たりの実行回数を求めるのが最も簡単だと思います。 1秒というのはTIME$で1秒を測ってもいいしMAINCNTで60フレームを測ってもいいと思います。 そのmkII用のプログラムがうまく動かないとすれば（MAINCNTLをMAINCNTに変えていることを前提に考えると）「きちんと表示がされてない」だけだと思います。 ルーチン内にFPSを表示する部分が含まれているためこの表示の後に別のPRINTを行ったり、CLSを行ったりすればFPSの表示は消去されます。その場合は一旦FPSの値を別の変数に入れると良いでしょう。