2次元配列のデータからBGを描画するようにしたらいいんじゃないかな？ 敵もBGデータの一部と考えて、画面内に入ったらSPに置き換えて活動させて、画面外にでたらBGデータの一部に戻してあげる。 こうすれば倒していない敵の保持ができるようになると思うよ。