もう解決しているようですが、原因はナツキさんが指摘している通りだと思います。関数ＮＯＡＲＲは、ＯＵＴ引数で返しているので呼び元Ａの参照値Ａに反映されます（実装が実体のコピーなのか参照値のコピーかは分かりません。）。しかし、命令Ａの引数Ａの参照値は、値渡しであり、呼び元のＡとは別物になり、命令Ａの中の参照値の変更は命令Ａの中だけで、命令Ａの呼び元の参照値Ａには反映されません。（参照値Ａが指している実体の変更は、反映されます。）したがって、ＯＵＴ引数で返すことで、解決するはずです。例のようなグローバル変数ではなく、ローカルな配列変数の場合には、ＯＵＴ引数で対応する必要があります。（通常は戻ったときに解放されるので必要性は低そうですが･･･）なお、ご存じかとは思いますが、ＩＮとＯＵＴの仮引数を別名にして実引数を同名にすることで実装可能です。