多分、ウイルスを作ると言うよりも、プチコン3号 SmileBASICの時の様に、バグを見つけて「The Homebrew Launcher」を起動する可能性があるから、だめと言っているんでしょう。
今はバグが多いので、狙われやすいと思います。
自分も昨日このゲームをプレイしていたら、ハングアップして画面が暗くなりWii U GamePadの電源を強制的に消しても、またつくのでWii Uの電源を強制的に消したらWii U GamePadに砂嵐が表示されてWii U GamePadの通信が切断されました。