通常形式とレイヤー形式の違いはレイヤー形式での保存サンプル（リンク先）に詳しく書いてありますが、レイヤー形式の場合は１つのマップに対するファイル数が増えるので２レイヤー以上使うのであればメリットは少なくなるので通常形式の方がいいんじゃないかと思いますよ。 レイヤー形式はセーブファイルの内容がシンプルなので展開プログラムとしては理解しやすいですが、上記の読みこみルーチンをそのまま使うのであればあまりメリットはないです。あえて言えば、１レイヤーだけなら通常形式より小さいしファイル数も使わないレイヤーのは削除すれば１つになるのでいいかも？　ぐらいですね。