SPHOMEで指定した原点座標は、SPDEFで設定したものに上書きされるはずなので、
「タッチで取得した場合は」とかの特定の条件の時だけ原点座標が変わるということはないと思うのですが…
これまでのコメントから、3DS本体のタッチ判定のズレはないみたいなので、
タッチで取得した変数になにか足し算や引き算してないかとか、
SPHOMEで指定しているスプライトの管理番号は間違えていないかとか、
そういった基本的なところで見落としがある可能性もありますが、いかがでしょうか?
ちなみに、SPSCALEは、原点座標を中心として拡大拡小するというイメージです。
なので、拡大してない状態から原点座標を真ん中に設定して、SPSCALEするとイメージが掴みやすいと思います。
3そうだね プレイ済み