SP同士の当たり判定を有効にするのにSPCOL命令を使っていますよね？ この命令にはマスクという引数があってこの数値を変更することによって スプライトとの当たり判定を行うかどうかを指定できます。 ヘルプに詳しく描いてありますがこの数値を0にすると対象のスプライトと 他のスプライトの衝突判定は行われなくなります。