簡易毛筆にレイヤーを導入すれば自動混色の使いにくさは軽減できますが、その場合はレイヤーボタンを追加すれば良いという話ではなくてUI自体を一新する必要があると思います。 その場合は現在のver,2系を残したままver.3の新UI搭載版を作ることになるでしょうね。 「何でこんなUIなの？」というツールも制作者の意図を聞けば案外「なるほど」と納得できる場合があります。また、ツールによっては「特に深い理由はない」というものもあるでしょう。 例えばアクションゲームを作る場合に十字ボタンで移動、Aボタンでジャンプというのも1つの共通認識でしょうがそれに縛られていたら斬新なゲームは作れません。 したがって、既存ツールに似たものを作りたいのか新しいものを作りたいのかによって変わるでしょうう。しかし、後者の場合は独りよがりにならないような注意が必要だと思います。