初めて使うツールは別ですが、使い慣れたツールの場合は個人的にはメニューから機能を選択というのがあまり好きではなくSAIではすべてショートカットを使って描いています。 そのため私が作るツールも基本的にすべての機能をショートカットで使用できます。というか、メニューがありません。 GUIを作るのが面倒というのもあるけどツール自体がシンプルであるためどのボタンにどの機能が割り当てられているかさえ分かればいいのでメニューの必要性さえ感じません。 操作性はツールの命だと思います。とはいえ、自分が普段どんなツールをどのように使っていてどんな不満を感じているかで何がベターなのかが変わるしツールの性格（機能や用途）によって変わるため万人向け（誰が使ってもそこそこ使いやすいもの）を目指すよりも想定されるツールの使用者にとってベターなものを目指す方が結果的には良いものになると思います。