3Dの概念って言っても平面が多重になってるだけと思えばどうと言うことは無いですよ。 例えば3D迷路のマス目移動するゲームで陣取りゲームを作るとしたら、壁と通路を区別するマップの構造を記録しておく配列だけじゃなく、床・天井・壁面（前後・左右にあるので床や天井の4倍のサイズ）それぞれの陣地情報を入れておく配列を作っておいて、画面を表示する時に参照するデータがちょっと多くなる程度でいけると思いますよ。