いえいえー。確かに気になりますよね。僕もマップエディタを作っていたときに公式マップツールの仕様を調べたりしましたが、その時に不思議に思いました。 それに公式マップエディタにはサイズ変更のためのプログラムがあるんですよね。ただそれはコメントアウトされて使えなくなっています。まあコメント外したぐらいでは動かないので、何か不具合があって実装を取りやめて、その残骸が残っているのかもしれません。 PUCHI-MAPに関しては、独自形式でその辺も改善したファイル形式作りたいなぁと思ったりもしてるんですが、いかんせんマップツール自体があまり使われない傾向があるんで、まあ実現するかは不明ですね〜