僕はBGROT使ったことないので、この現象は初めて知りましたが、おそらくプチコン側に原因があるため、根本的な解決はできないと思います。 このBGの裏に、 スプライト、グラフィック画面、他のBGなどで緑色の背景を作ればカモフラージュできるのではないでしょうか。