かなり奥の手という感じになりますが、PCでSDカード内を見る事が出来るのであれば、 \Nintendo 3DS\（３２桁の英数字）\（３２桁の英数字）\extdata\00000000\00001172\00000000\ の中に、00000001、00000002…みたいなファイルが存在するかどうか、確認出来るでしょうか？ 存在した場合、その作成日時が、これまでに作ったプログラムやデータの作成日時（覚えている限りで）と一致しているかどうか、あるいは、これまでに作ったプログラムやデータの個数が、そこにあるファイルの数と一致しているかを確認してもらえるでしょうか？