プレイしてみました。なるほどNew3DSだと今回は速くなってますね。VSYNCをWAITにしてもまだ速いです。 原因がわかれば対策の方法も見えるかもしれません。 なので、まず原因切り分けをしてみると良いかも。 原因の仮説を立ててみます。 例えば仮説「実は3DSだと処理落ちしていた」。 仮説の検証のために、 例えばVSYNCとセットでMAINCNTを表示させるとか。 VSYNCから次のVSYNCまでにMAINCNTが2より増えていれば、処理落ちしている、といえるかも。