フレームの周期は、画面のちらつき防止のために決められたもので、時計機能とは、微妙に異なるようです。目的が異なるので当然ですよね。(3DSの仕様に依存します。) 精度や累積誤差が問題になる場合には、注意が必要と思います。 公開された仕様では無く勝手に調べたので、いつ変わるかわからない役に立たない情報ですが、プチコン3号Ver.3.00では、89秒か90秒毎に15フレームの差が発生するようです。