ヘルプを読んだだし プチコン2つ持ってないので 確かではないのですが、 マルチプレイ時の本体IDを BUTUNに指定してそれぞれの 3DS上で動かしたり、当たり判定の 処理をしたりっていう感じに なるのでは、と思います。