自己解決。 new3DSでは約0.8ミリ秒弱のウェイトを入れることで、チラつきが消えました。 つまり描画更新がVSYNC(WAIT)から0.8ms後(new3DS時)にズレていて、CLSが描画更新の前に来ていると。 修正版がくれば、ウェイトなしでVSYNC→CLS→PRINTとしても、チラつきは出なくなるはず。