スマイルツールでお絵描きツールを開くと、SPRITE用のページとBG用のページの他に2つ程ページがあると思います。 僕の場合はこれらの2つのページに絵を書いて保存することで一枚絵として使用するようにしています。 ちなみに、背景の上に複数ばらまいたり、マップデータに利用する絵はBGのページに、 絵自体を自由自在に動かしたい場合はSPRITEのページに書くのが適切です。 まあ、最低限どこに描くべきかがわかっていて、ちゃんとデータとして残せてさえいれば こちらである程度どうにかするので あまり気にしなくても大丈夫ですよ。