SPSTOPしちゃうと次に動かす時にSPSTARTも必要になるんで、そういう意味では上書きで止めるのが一番手っ取り早い感じなんですよね〜。
ちなみに現在のアニメーション(キャラ定義番号)で止めるんで良ければ、SPANIMしているキャラクタ定義番号が0だった場合は、
SPCHR 0 OUT C
SPCHR 0,C
と現在のキャラ定義番号を取得して再セットすることでSPANIMでのI効果を打ち消す(止める)事が出来ますよ。
上書きで止めるのはSPSTOPと違って他のアニメーション効果は継続することが出来るのがメリットですかね。