マリオの状態がちびマリオだったりスーパーマリオだったりの情報を、取りあえずSTATUSっていう変数に
ちびだと0、スーパーだと1、ファイアだと2みたく格納しておいて
IF STATUS==0 THEN
IF キノコを取った THEN スーパー化:STATUS=1
IF フワワーを取った THEN ファイア化:STATUS=2
ELSEIF STATUS==1 THEN
IF キノコを取った THEN 得点だけのエフェクト
IF フラワーを取った THEN ファイア化:STATUS=2
ELSEIF STATUS==2 THEN
IF キノコを取った THEN 得点だけのエフェクト
IF フラワーを取った THEN 得点だけのエフェクト
ENDIF
みたいな感じでいけるんじゃないです?