未確認ですが、3DSの本体設定でサラウンド・ステレオ・モノラル選べたと思います。 デフォルトがサラウンドだったと思うので多分そのせいでは。

ＰＣで録音して波形を見れば確認できるのでは？

ビンゴでした。サラウンドの設定になってました。