旗を取ったらその地点をセーブできて、次に遊ぶ時に最後にセーブした地点から再開できるようにする方法が分かりません。

SmileBoomさん(発売元)のプチコン3号のサイトに命令表があるのでじっくり見てみましょう。 具体的にはSAVE、LOADの(2)～(4)あたりですね。 エディット画面でSAVEやLOADと打ってヘルプを見てみるのも良いです。