DEFからENDの間の行はインデントを入れた方がいいのでしょうか？

インデントはソースの視認性を上げる（見やすくする）ために入れるものなので、別に入れなくてもプログラムの実行には影響ありません。 ただ、ソースを人に見せる前提なら入れておいたほうが親切ですね。今流行り（？）のＱＳＰは画面内に収める必要があるのでコロンや空白を極限まで削っていますが、ああいうのはわかりにくいですよね。

SMLEBASICの他にDEFを使う言語としてrubyがあるようです。 ネット上にあるrubyのサンプルプログラムではインデントが入っているので、それに合わせるのが良いかと思います。

どっちでもいい。 自分が見やすい方でいい。

個人的には入れた方が好きですが、人と一緒に作るのでなければ特にルールに合わせる必要はないので、自分がわかりやすいようにするのがいいんじゃないかなと思います。