Z座標を変えた後のスプライトをSPHIDEして、同じ管理番号でSPSETすると非表示が解除される。 まではいいと思うのですが、その後SPOFSでZ座標を0にしても省略したとみなされるのか、スプライトに反映されません。 これはバグなのでしょうか？

自分でもう少し試したのですが、SPHIDEを挟むのは関係ないみたいです。

確かに反映されてないケースがあるように思いますね。 バグの可能性もあるので手順も含めて公式に報告してみるのもいいかもしれませんね。