こういうことになりそうなソフトといえばK2KPaintでしょうか？（レイヤーの入れ替え？） もしそうならもう一度入れ替えるか、Bボタンで一度だけアンドゥできます。 レイヤーを入れ替えて統合した直後ならBボタンでアンドゥして、レイヤーの入れ替えをすれば直ったかもしれません。