ざっと見た感じなので間違っていたら ごめんなさい。 この処理だと、 例えば、ファイル数が12個のとき Jは、0→11と変化しようとしますけど J=3になった時点で添え字が12になって Subscript out of rangeが 出るのではないかと思います。 FOR J=…の最後にSTEP 4を付けて 添え字の式をJ+Sとしてみたら どうでしょう？