プログラムが記述されているソースコードだけをアップロードしてしまったのではないですか？ アップロードするときにフォルダ選択の画面で「ファイルを選択」「決定」という2つのボタンがありますが、「決定」を押せばフォルダ丸ごとがアップロードされますよ。