知っているとは思いますが、VSYNCを契機とする周期処理とインタプリタの処理とが、共通リソースで競合すると問題が発生します。その対処として、インタプリタの処理の一部で割り込みをマスクするか、VSYNCの周期処理と同じスレッドへ乗り換える処理で排他制御をしている（推測）為にそのような振る舞いになっていると思われます。ユーザが、処理を小分けにすれば、回避できると思います。