私は逆にデフォルトのスプライトを使ったことがないせいか、詳しい状況がよくわかりませんが、 スプライトの元になる画像の位置はドット単位で指定できるので、自分でSPDEFなりで位置指定すれば、ズレは問題にならないです。 もちろん位置が揃ってなくて気になる場合は、コピー等の機能で動かしても問題なしです。