私はプチコンmkIIでレイヤー機能付きお絵かきソフトを作りましたが、別々のGRPに描いたものを特定のGRPにGCOPYすれば簡単に実現できます。 GCOPYする順番を変えることでレイヤーの重なり順を変えることができます。 ただし、GRPは透明と不透明しか選択できないので透明度を変えたいならばスプライトを使うしかないですね。（GRPも単一レイヤーならば擬似的に透明度を変えることは可能ですがレイヤーそのものの透明度は変えられない）