FORMAT$で桁数の前に空白を入れた際の動作は、(負の数だったときにマイナス記号が入る分、)正の数を表示するとき先頭に空白を一つ入れて表示するというもののようです。 結果としてその分、数字の入るスペースが1文字分減ってしまうので、一見FORMAT$内で指定した値と同じ桁数の数値でも収まりきらずに表示がずれるようになってしまいます。 (その例だと% 3Dでは数字の入る幅が2文字分になってしまうため、3桁の数値を入れると表示がずれる)