元々1秒は厳密な60フレームではないのですが、現状のプチコン3号はまだ不安定な部分（負荷時にはMAINCNTさえも1フレーム単位では動かない）があるためそれでさらに誤差が大きくなっていると思います。 SPANIMを使って時計を作る場合は適当な時間（1分くらい）ごとに内蔵時計を使って補正を行う必要がありそうです。