したのですが、最後の「ピー」が鳴って、 その後、３DS側はどうすれば良いのですか？ （転送したGRPファイルの保存方法）

転送が全て終わったら、下画面に保存ダイアログが出ると思うので保存します。(Simplexで、転送できなかった部分がある場合は再転送する必要があります。) 保存したあと、ファイルを圧縮している場合は展開します。

下の青色のゲージが貯まり、上の方の数値が上限に達すると、受け取ったファイルをSAVEするDIALGが出てきます。 LZSS for petitcomで、PZGファイルをGRPに変換出来ます。

ありがとうございました!