自分でドット絵を描いて、そのドット絵を自分が作るゲームに使うことってできるんですか?

はい。

どこかのツクールとは違って、自作素材でも全然使えちゃいます

例えばSPSET 0,0 とすれば、スプライト番号（連番の番号）に、キャラ０番（いちご）を割り当てて画面に表示します。 ですのでスマイルツールの「お絵かき」の「SP」ってとこにある左上の「いちご」を書き換えると、今までいちごだったのが自分で描いたキャラになりますよ。 実際にプログラム中で使うなら、描いた画像をSAVE(保存)して、実行時にLOAD(読み込み)する必要がありますけどね。