デフォルトのSPDEFで同じSPが2回定義されているのはなぜですか？

原点が違います。 一方は原点が(0,0)なのに対し、 もう一方は原点が中央(スプライトによっては中央ではないことがあります)など自然に扱えるところに設定されています。

あと、例えば魔法使いが正面向きで歩くモーションが520、521、522、523と定義されていて、520と522は同じ絵ですが、このほうがプログラム上で扱う時にラクだ（簡単な加算で処理できる）、という利点もありますね。