VSYNCはタイミングを取る命令、WAITは待つ命令です。 例えばWAIT 6だと確実に6フレーム分(1フレームは1/60秒なので6フレームは0.1秒相当)待ってくれますが、VSYNC 6は前回のVSYNC実行時から6フレーム待ちます。つまり、メインルーチンにVSYNCを1回入れておけば処理が重い場合も軽い場合も同じような速度で動作が可能になるということです。 プチコン3号の場合は表示(PRINT等)や入力(BUTTON等)は1フレームごとに更新されているためVSYNCをメインルーチンに入れることで 表示や入力のタイミングを取ることが可能ですが、メインルーチン内に複数入れると「前回のVSYNC」の基準がその都度変わるため思ったような速度で動作しなくなるというわけです。