大きな違いといえば「携帯機用」と「据え置き機用」ということです。 プチコン3号は3DSという携帯機で使用できるため本体さえあれば他に何も要りません。もちろん、どこでも手軽に使用できます。 プチコンBIGは据え置き機用であり電源がある場所でしか使用できません。（TVもあった方が良いけど無くても使用は可能） 据え置き機ということでコントローラだけではなくWiiリモコン等の周辺機器にも対応しているし、USBキーボードを使えばプログラミングを楽に行うことができます。（プチコン3号はキーボードには対応していないため画面表示されたキーボードをタッチしながらプログラミングをする） あと当然ながら据え置き機であるWiiUは携帯機である3DSよりは高速です。New3DSと比べると約3倍、旧3DSと比べると約10倍高速です。 どちらが良いかは一長一短なので自分が使いやすい方で良いと思います。