一般ユーザが開発する場合は、GCCほぼ一択となると思いますが、他に製品版の3DS開発環境と言うものも存在します。 恐らく一般ユーザでは購入できない、出来たとしてもかなり高額なものです。 開発言語については、最終的にARM(3DSネイティブはARM9だっけ？)のマシン語コードになればよいだけで開発言語は何でもよい筈です。 全ての3DS、WiiUソフトがC++で書かれているとは断言できないかと。