あなたがプログラミングの初心者なら、3DS版のほうがおすすめとなります。(WiiU版のほうが高機能な分だけ難しいです…。) あなたがプログラミングの上級者なら、WiiU版のほうがおすすめです。(より高度な作品を作れるからです。) ただ、どちらの本体を持っているかによっても変わりますけど、迷っているということは、両方を持っているのですかね？