難しく考えなくてもメインルーチン（メインループ）を作りメインだけでは冗長になってしまう部分をサブルーチンや自作関数を使い効率化すれば良いと思います。 そして、ステージクリアやゲームオーバー時などの処理を作り、最後にタイトル画面を作ります。 これは私にとって重要と思う順番であり重要度は人によって変わるため「これが正解」というものはないと思います。 先頭から順番に作るのはよほどサイズの小さい単純ものを除き普通は行いません。 ちなみにQSPなどのサイズ制限付きプログラムはまずは普通に組んだあとで短縮と効率化によって制限内に収まるように作っています。 私がQSPを作っているときの手順についてはこちらに詳しく書いています。 https://miiverse.nintendo.net/posts/AYMHAAADAAB2V0erQWuGiw