SPHOME命令というのはキャラ定義(SPDEF)の中心座標(基準点)そのものを書き換える命令ではないです。 SPDEFの基準点を一時的に変える命令でしかなくその効果の範囲も限られます。 その効果の範囲はヘルプに記述されているようにSPOSF使用時、回転や拡大・縮小使用時、衝突判定使用時です。 したがって、キャラの定義番号を変えた場合にはSPHOMEは有効に働かないわけです。 それを見越してアニメーション表示の際はSPHOMEは使わずにSPOFSで補正というのは解決策の1つとしては正しいです。